1940年8月，新10旅參加了朱德、彭德懷指揮的“百團大戰(zhàn)”，擔(dān)任129師右翼隊。安仲琨帶領(lǐng)獨立團參加了百團大戰(zhàn)一、二、三階段。

10月已進(jìn)入百團大戰(zhàn)的第二階段。一天，安仲琨率領(lǐng)獨立團3營在榆遼公路寒王鎮(zhèn)到弓家?guī)X一帶打了一場痛快的伏擊戰(zhàn)。10天后，在關(guān)家垴高地圍攻殲滅日寇的戰(zhàn)斗，仲琨同志身先士卒，英勇殺敵。

兩次戰(zhàn)役在王德純的《回憶安仲琨同志》一文中，有詳細(xì)記述：

10月10日中午，我們接到團里命令，營的主管首長帶領(lǐng)各連連長到和（榆）遼路寒王鎮(zhèn)附近弓家溝偵察地形，要求必須在晚上12點前趕到。這時，仲琨同正患感冒發(fā)燒。從駐地出發(fā)，必須以急行軍的速度每小時走12華里以上才能達(dá)到目的地，但他堅決要求去完成這次任務(wù)。我們再三勸阻也無效，他還風(fēng)趣地說：“要趕路正好出身汗，感冒不就好了”。只好讓他去了。為了保密，其余部隊于當(dāng)夜急行軍，于15日黎明趕到伏擊區(qū)。見到仲琨，他立即傳達(dá)上級部署和要求：29團設(shè)伏擊區(qū)，3營在公路東側(cè)距離20米的山坡上，1、2營在3營對面高地，還有30團在公路北端敵汽車上坡處，28團負(fù)責(zé)斷敵后路。在這條狹長的山溝里形成一個嚴(yán)密的伏擊圈。仲琨同志傳達(dá)了旅首長的要求：要嚴(yán)守秘密，聽到?jīng)_鋒號動作要迅速，與敵格斗要勇猛頑強。到9時許，日寇一個小隊，一部偽軍，護送著47輛汽車，滿載大批武器彈藥由南向北開進(jìn)我伏擊圈。當(dāng)指揮所一聲令下，沖鋒號響起時，仲琨同志身先士卒，率9連奮不顧身沖向敵人車隊，頓時手榴彈爆炸聲、密集的槍聲，喊殺聲響徹山谷，全部戰(zhàn)斗不到一小時，護送車輛的日偽軍100余人被殲。最后，除3輛車未進(jìn)入伏擊圈逃跑外，其余44輛全部被我燒毀。

仲琨同志對部隊要求特別嚴(yán)格。等戰(zhàn)斗結(jié)束后，得知10連連長當(dāng)時在20米處掩體后始終未沖向敵人，仲琨同志對他進(jìn)行了嚴(yán)肅批評和教育，并堅決要撤他的職，以教育本人和部隊。該連長沉痛檢討了自己的錯誤，要求給自己一次機會改正錯誤，經(jīng)團里研究，同意從寬處理。在后來的戰(zhàn)斗中，此人表現(xiàn)很好。戰(zhàn)斗結(jié)束，新編10旅部隊未得休整，又奉命參加了關(guān)家垴的包圍戰(zhàn)，與兄弟主力部隊一起，于29日夜將企圖取道蟠龍以東關(guān)家垴一帶的西犯之日寇包圍于關(guān)家垴高地。在此次戰(zhàn)斗中，仲琨同志率3營不顧敵機輪番掃射，攻擊敵人十分勇猛，與兄弟部隊一起迅速突破敵人防御陣地，將敵人壓縮在一個狹小地區(qū)，與敵展開了短兵肉搏，反復(fù)多次。戰(zhàn)至31日拂曉，殲敵400余人，此次戰(zhàn)斗我們營減員很大，仲琨同志率領(lǐng)的10連，戰(zhàn)前近百人，下陣地后不到20人了，該連連長此次表現(xiàn)很好，仲琨同志及時表揚了他。

隨著八路軍、新四軍抗日戰(zhàn)爭的全面鋪開，日寇在華北各地處處受挫。使得日軍侵華總司令岡村寧次非常惱火，急忙調(diào)集重兵在華北各地開展鐵壁合圍和蠶食戰(zhàn)法，瘋狂地實行拉網(wǎng)戰(zhàn)，全面開展打掃蕩。日寇所到之處，野蠻地實行殺光、燒光、搶光的“三光”獸行。

從1941年起，太行軍區(qū)所屬部隊在人民群眾配合下，采取“遇強敵化整為零、與散敵則聚零為整”的戰(zhàn)術(shù)，有效打擊敵人，先后參加了邢沙永戰(zhàn)役和進(jìn)行“反掃蕩”、“反蠶食”、“反封鎖”、“反治安強化”等抗日武裝斗爭。

    1941年10月，第2軍分區(qū)與八路軍新編第10旅機關(guān)合并，旅轄部隊編為第2、第6軍分區(qū)基干團，安仲琨任第2軍分區(qū)六縱隊47團團長。